Zuerst wurde von Zisterziensermönchen mit finanzieller Hilfe von Vladislav Jindrich, dem Markgrafen von Mähren, im Jahr 1205 ein Kloster in lieblichen Tal des kleinen Flüsschens Salaska gegründet. Mitte des 13. Jahrhunderts findet man hier bereits eine dreischiffige romanische Basilika mit Querschiff und fünf Apsiden an der Ostsweite. Sie wurde im Jahre 1228 geweiht. Ende des 13. Jahrhunderts war der Klosterkomplex komplett. In der zweiten Hälfte des Jahrhunderts wurde der Klosterkomplex noch durch eine einschiffige Kapelle – Cyrilka genannt – ergänzt.
Im Jahr 1423 während der hussitischen Kriege wurden die Gebäude stark beschädigt. Erst in den Jahren 1681 – 1769 nahm man ihre Renovierung in Angriff. Giovanni Pietro Tencalla war der Baumeister, der mit der Neugestaltung der romanischen Basilika betraut wurde, Balthasar Fontana und Josef A. Winterhalder sorgten für die Durchführung der Stuckarbeiten sowohl in der Kirche als auch im Kloster, die Skulpturen stammen von Michael Mandlik und Antonin Riga und die Wandmalereien von M. L. Willmann, F. Eckstein, J. G. Etgens und I. Raab. In nächster Nachbarschaft wurde ein ausgedehntes Lapidarium errichtet, in dem man die architektonischen und bildhauerischen Fragmente vorfindet, deren meiste von dem spätromanischen Bau stammen. Velehrad ist ein belebtes religiöses Zentrum, das jährlich von Tausenden von Pilgern besucht wird.
Die größte Wallfahrt findet am 5. Juli (dem Tag der Heiligen Cyril und Methodius) statt. Gottesdienste täglich.
Die letzte Führung findet eine Führungslänge vor Schließung des Monuments statt.