Die neue Führung des Landes betrieb ein System, das sich an den Institutionen und der Praxis der Sowjetunion orientierte. Obzwar andere politische Gruppierungen noch nicht verboten waren, waren die Kommunisten der einzige wahre Machtfaktor im Lande. Legislative und Gerichtswesen wurden politischen Zielen untergeordnet und Opposition zum Regime wurde von der Geheimpolizei unterdrückt. 1950 kam es zu Schauprozessen mit hohen Parteifunktionären, die angeklagt waren, Feinde des Systems zu sein. Viele wurden abgeurteilt und exekutiert. Die Wirtschaft unterlag einer zentralen Planung, die Landwirtschaft wurde kollektiviert und beinahe alles Privateigentum abgeschafft. Parteidominierte gleichgeschaltete Massenorganisationen ersetzen das breite Spektrum von freiwilligen Vereinen und Interessensgruppen, die es bis dahin gegeben hatte. Alle Bereiche des Lebens, wie Erziehung, Kultur, Kunst, Wissenschaft und Freizeit sollten politisiert werden.

Intellektuelle und Parteiführer einschließlich Alexander Dubcek versuchten Ende der 60iger Jahre im sogenannten „Prager Frühling“ das kommunistische Regime zu reformieren, zu einem „Sozialismus mit menschlichem Gesicht“. Diese Bestrebungen wurden teilweise durch die Notwendigkeit der Verbesserung der wirtschaftlichen Lage motiviert, spiegelten aber auch den Wunsch der Slowaken nach mehr Anerkennung ihrer Bedürfnisse im gemeinsamen Staat wider. Diese Reform war ein Versuch, eine Form des Sozialismus zu schaffen, die sich dem Modus der entwickelten europäischen Staaten annähern könnte. Man wollte die Zensur abschaffen, mehr intellektuelle Freiheit gewähren und auch nichtkommunistischen Gruppierungen mehr Mitsprache im öffentlichen Leben. Auch die Wirtschaft sollte dezentralisiert werden. Die UdSSR und ihre Verbündeten fürchteten ein Überspringen dieser Reformen auch auf ihre Staaten und so sahen sie ihre Rettung einzig in einem Einmarsch der Warschauer-Pakt-Truppen in die Tschechoslowakei, der am 21.August 1968 erfolgte.

Im April 1969 wird Alexander Dubcek als Parteichef durch Gustav Husák ersetzt, der sich sofort anschickt, alle Spuren der Reformen zu beseitigen. Dieser Prozess, der unter dem Begriff „Normalisation“ traurige Berühmtheit erlangte, leitet eine fast 20jährige Periode der politischen Stagnation ein. Viele Menschen, die den Reformkurs unterstützt hatten, verloren ihre Posten und auch ihr Interesse am politischen Geschehen. Es gab jedoch auch solche, die trotzdem opponierten. Sie sammelten sich um Gruppen wie die Charta 77 und VONS (Das Komitee zur Verteidigung unrechtmäßig Verfolgter). Sie appellierten an die Führung des Landes, Menschenrechte zu respektieren und mehr Freiheit zuzulassen.